Khi ngô lần đầu tiên được đưa ngoài khu vực châu Mỹ nói chung nó được những người nông dân tại các nơi này chào đón với sự lạc quan do sản lượng cao của nó. Tuy nhiên, vấn đề phổ biến rộng của nạn kém dinh dưỡng đã nảy sinh nhanh chóng tại các khu vực mới gieo trồng ngô này. Nó từng là điều bí ẩn do kiểu kém dinh dưỡng này không được ghi nhận ở thổ dân châu Mỹ trong các điều kiện thông thường.[12]

Cuối cùng người ta đã phát hiện ra rằng thổ dân châu Mỹ đã biết rõ từ lâu về việc thêm các chất kiềm như tro đối với thổ dân Bắc Mỹ và đá vôi (cacbonat canxi) đối với thổ dân Trung Mỹ vào ngô để giải phóng vitamin B3 (niacin), mà sự thiếu hụt nó là nguyên nhân gây ra bệnh pellagra (bệnh nứt da).

Bên cạnh thiếu hụt niacin, pellagra còn có đặc trưng khác là thiếu hụt protein, kết quả của sự thiếu hụt cố hữu 2 axít amin quan trọng trong ngô tiền hiện đại là lysin và tryptophan. Quá trình kiềm hóa cũng làm gia tăng hàm lượng lysin và tryptophan trong ngô ở một mức độ nhất định, nhưng quan trọng hơn là thổ dân châu Mỹ đã biết cách làm cân bằng sự tiêu thụ ngô với đậu đỗ và các nguồn giàu protein khác như dền và đan sâm (Salvia spp.), cũng như thịt và cá, nhằm thu được toàn bộ các axít amin cần thiết cho tổng hợp protein một cách bình thường.

Do ngô được du nhập vào trong khẩu phần ăn uống của các dân tộc phi thổ dân châu Mỹ nhưng lại không kèm theo các kiến thức cần thiết mà thổ dân châu Mỹ phải mất hàng ngàn năm mới nắm rõ nên việc nương tựa nhiều vào ngô thông thường là bi kịch. Vào cuối thế kỷ 19 pellagra đã đạt tới ngưỡng đặc hữu tại các khu vực miền nam Hoa Kỳ, do các nhà nghiên cứu y học đã tranh cãi với nhau về 2 giả thuyết cho nguồn gốc của nó: thuyết thiếu hụt (cuối cùng là đúng) cho rằng bệnh pellagra là do thiếu hụt một số chất dinh dưỡng, còn thuyết mầm bệnh lại cho rằng bệnh pellagra là do mầm bệnh được truyền sang từ ruồi muỗi. Năm 1914, chính quyền Hoa Kỳ chính thức công nhận thuyết mầm bệnh của pellagra, nhưng đã phải hủy bỏ điều này sau vài năm do các chứng cứ chống lại nó ngày càng tăng. Vào giữa thập niên 1920 thuyết thiếu hụt của bệnh pellagra đã nhận được sự đồng thuận khoa học và được chứng minh vào năm 1932 khi thiếu hụt niacin được xác định là nguyên nhân của bệnh này.

Khi cách xử lý bằng kiềm và sự đa dạng trong chế độ ăn uống được hiểu rõ hơn và áp dụng thì bệnh pellagra đã biến mất. Sự phát triển của các giống ngô chứa nhiều lysin và khẩu phần ăn uống cân bằng hơn cũng đóng góp vào sự biến mất của căn bệnh này.